日吉神社の創建は安土桃山時代の頃、天正年間（1573-1591年）、隣接する大日堂再興の折に旧拝島村総鎮守山王社として現在地に建立されたと言われています。 明和4年（1767年）に御社殿を再建修理され神輿を新造して第一回の祭礼を行い、これが現在も例祭（毎年9月）の前夜祭である榊の渡御（榊祭）としてされています。 榊祭は東京都無形民俗文化財に指定されていて、榊祭のときの三町のお囃子は昭島市無形民俗文化財、三町の山車は昭島市有形文化財の指定を受けています。