あらすじ

国のため、己の命を顧みず、儚くも美しく舞い散る“サクラ“
?軍事協定『世界の改心(ワールド・リフォーミング)』? 世界各国は軍隊を人口の0.1%までに軍縮、及び、大量殺戮兵器の開発禁止に調印?しかし、争いは兵器から情報戦争へと形を変えたに過ぎなかった。一見平和な世界の水面下で、国家間の熾烈な情報戦が繰り返される中。日本は、救世主となるべくスパイを育成した。他国との情報戦に特攻をも辞さぬ者たちを・・・。
秘密任務のために特殊機関「チャーチ」で育成されたスパイ。警察省警備庁・特別公安局外事課五係。通称 “サクラ”。
 彼ら“サクラ”には「過去」はなく。「国籍」もない。生きた証を残すことも許されない。そして誰も、任務に失敗した“サクラ”を救ってはならない。ただひとり、「チャーチでの卒業試験」を組んだ相手=“メサイア”を例外として・・・。

チャーチ卒業を控えた海堂鋭利(松田凌)は、サクラ候補生として新たにチャーチにやって来た、白崎(赤澤燈)・悠里(廣瀬大介)・間宮(染谷俊之)・有賀(井澤勇貴)の指導にあたり、厳しい訓練を積んでいた。そんな中、白昼堂々と政府高官が射殺される。テロ組織の犯行を疑った神北係長代理は新人4人にこの事件の捜査を命じるが、4人はその為に組まされたメサイアとの関係にそれぞれが戸惑い、ぶつかり合い、初任務に失敗してしまう。
時を同じく射殺事件を捜査する公安四係に身を置く事となった元評議会の三栖(中村龍介)と周(玉城裕規)も自身の目的のため独自の捜査を進める。そして更には何かの陰謀か謎の男が鋭利に接触をする。サクラ、公安、謎の男が絡み、高官射殺事件は日本と世界の未来を巻き込んで思いもよらぬ結末へ向け転がり出すー。